故事开篇，浙江书生宁采臣性情刚正、洁身自好，因赴金华赶考，途经荒野中的兰若寺（“兰若” 为梵语 “阿兰若” 的简称，指僻静的寺庙或僧院，此处早已荒废，人迹罕至），见寺庙虽残破却可容身，便决定在此借宿。

寺中仅有一位老僧，老僧告诫宁采臣 “寺中多鬼物，不可久留”，但宁采臣不以为然，坚持留下。入夜后，宁采臣果然遭遇怪事：

先是遇到同为借宿的书生燕赤霞，燕赤霞言行怪异，随身携一破皮囊，睡前嘱咐宁采臣 “夜勿妄起”，似知晓寺中隐秘；

夜半时分，一绝色女子（聂小倩）悄然入梦，欲以美色引诱宁采臣，被宁采臣严词拒绝（“生平无二色”，坚守礼法底线）；

女子见引诱不成，又以黄金相赠，宁采臣识破 “此非义物，必祸人”，将黄金掷还，女子无奈离去，临行前感叹 “君圣贤也，妾不敢欺”。

二、聂小倩坦白：鬼身藏苦衷

聂小倩两次试探均被宁采臣的正直打动，次日主动找到宁采臣坦白身世：她本是良家女子，早逝后葬于兰若寺附近，魂魄被寺中恶鬼（夜叉）胁迫，专门引诱过路男子，或取其精血，或诱其自戕，供恶鬼吸食（此前已有多位书生死于非命）。黄金实为夜叉所赠的 “迷魂物”，沾染者会被恶鬼缠上，性命难保。

聂小倩诉说自己 “为鬼所役，实非本心”，对宁采臣的正直心生敬佩，不忍加害，同时提醒他：夜叉今夜必亲自来害他，唯有燕赤霞能护其周全，且燕赤霞的破皮囊中藏有降妖之物。

三、燕赤霞除妖：正邪终对决

宁采臣闻言大惊，连忙向燕赤霞求助。燕赤霞告知他，自己并非普通书生，而是江湖术士，专为除妖而来。他取出一道符纸，嘱咐宁采臣贴于房门，并告诫 “切勿窥视门外”。

夜半，夜叉果然来袭，见房门贴符无法闯入，便在门外咆哮怒骂，声音凄厉可怖。宁采臣谨记燕赤霞的嘱咐，始终未敢开门。次日清晨，门外留下一滩黑血，夜叉已被符纸击退。

燕赤霞知晓聂小倩本心向善，且与宁采臣有缘分，便提议：聂小倩的尸骨埋于寺外白杨树下，若宁采臣能将其尸骨迁回故乡安葬，便可解脱她被夜叉控制的命运。同时，燕赤霞将自己的 “剑袋” 赠予宁采臣，告知 “此袋可避邪祟，若遇危险，掷出即可”。

四、迁葬相守：人鬼成眷属

宁采臣依言找到聂小倩的尸骨，妥善包裹后，亲自护送回乡，安葬于自家祖坟附近。聂小倩的魂魄感念其恩，日夜跟随宁采臣，化作常人模样侍奉其母。宁母起初畏惧鬼魂，但见聂小倩勤劳孝顺、性情温婉，渐渐放下戒备，默许了她与宁采臣的相处。

此后，聂小倩不仅悉心照料宁采臣的生活，还时常提醒他规避灾祸。一次，宁采臣遭遇山中猛虎，危急时刻掷出燕赤霞所赠的剑袋，剑袋瞬间化作一道金光，将猛虎斩杀。

随着相处日久，宁采臣与聂小倩的感情日益深厚，最终结为夫妻。聂小倩虽为鬼身，却始终坚守善念，凭借自己的智慧和善良赢得了宁家上下的认可。后来，宁采臣科举得中，为官清廉，聂小倩也为他生下一子，孩子长大后考取功名，一家人终得圆满。